События фильма происходят в двух эпохах – в современном мире и во времена испанской инквизиции. Майклу Фассбендеру предстоит подарить жизнь сразу двум героям – в 21 веке им станет приговорённый к смерти Майкл Линч, а в XV веке – испанский ассасин по имени Агилар де Агароробо.
Майкл Линч оказывается втянутым в борьбу тамплиеров против ассасинов, в которой первые пытаются восстановить в памяти Линча воспоминания его предка Агилара посредством устройства под названием Анимус и использовать их в своих собственных целях. Помогать главному герою в неравной борьбе будет женщина-ассасин (Марион Котийяр).