Сюжет нового стерео 3D-фильма является прямым продолжением мульта “Губка Боб – квадратные штаны”, вышедшего в 2004 году. В сиквеле Губка Боб (SpongeBob) и его друзья отправляются на сушу, чтобы противостоять пирату по имени Бургер-Борода (Burger-Beard), которого сыграет Антонио Бандерас (Antonio Banderas).
По сюжету, пират по имени Бургер-Борода нападает на Бикини Боттом (Bikini Bottom) и отбирает тот самый знаменитый рецепт крабсбургера у Мистера Крабса (Mr. Krabs). Не долго думая, осьминог Сквидвард (Squidward), морская звезда Патрик (Patrick), белка Сэнди (Sandy), краб Мистер Крабс, Планктон (Plankton) и, конечно же, сам Губка Боб отправляются прямиком на сушу за поиском пирата. По пути команда друзей превращаются в 3D-героев, чтобы победить злейшего пирата.